معاونت فرهنگی و دانشجویی به عنوان یکی از محوری‌ترین معاونت‌های دانشگاه علوم پزشکی مشهد، مسئولیت ترسیم خط مشی امور فرهنگی و فوق‌برنامه در سطح دانشگاه و برنامه‌ریزی و نظارت بر حسن اجرای خدمات‌رسانی در بخش رفاهی و صنفی دانشجویان را بر عهده دارد.

همچنین این معاونت ارتباط مستقیم با دانشجویان داشته و فراهم‌کننده امکانات رفاهی و فرهنگی دانشجویان می‌باشد. از جمله مهمترین مأموریت‌های این معاونت اداره کلیه امور دانشجویی از جمله اسکان، تغذیه، رفاهی، تربیت بدنی، مشاوره، تدارکات، ایاب و ذهاب، امور عمومی، مطالعه و اتخاذ تصمیم درباره مسائل و مشکلات دانشجویی، نظارت بر اجرای قوانین و آئین‌نامه‌های دانشجویی، خدمات تخصصی روانشناسی و مشاوره، برنامه‌ریزی و اجرای برنامه‌های فرهنگی و فوق‌برنامه دانشجویی و همچنین نظارت بر فعالیت‌های فرهنگی، اجتماعی و سیاسی دانشجویان است.