معاونت فرهنگی و دانشجویی، یکی از محوری‌ترین معاونت‌های دانشگاه علوم پزشکی مشهد است که ارتباط مستقیم با دانشجویان داشته و فراهم‌کننده امکانات رفاهی و فرهنگی آنان می‌باشد. از جمله وظایف این معاونت، اداره کلیه امور دانشجویی دانشگاه (خوابگاه، تغذیه، رفاهی، تربیت‌بدنی، مشاوره، تدارکات، امور عمومی، ایاب‌وذهاب و...)، مطالعه و اتخاذ تصمیم درباره مسائل و مشکلات دانشجویی، نظارت بر اجرای قوانین و آیین‌نامه‌های دانشجویی، تدوین و پیشنهاد اصول مشاوره دانشجویی، برنامه‌ریزی امور فوق‌برنامه دانشجویی، نظارت بر فعالیت‌های فرهنگی دانشگاه، برنامه‌ریزی برای گسترش و تعمیق ارزش‌های اسلامی و انقلابی در همه سطوح دانشگاه است.